С появлением первой настоящей аптеки, в полном соответствии с существовавшим видимо с незапамятных времен прискорбным обычаем ставить, над всяким полезным делом чиновника, появился первый управляющий и надзирающий орган Аптечный приказ. Но сначала, когда медицина при царском дворе была представлена одним, от силы двумя – тремя докторами, то врачебное дело ведалось “ближним боярином”. И вот, уже в XVI веке при великом князе московском Василии III, князь Михаил Львович Глинский наблюдал за лечением царской семьи медиками-иноземцами, русскими знахарями и вообще, за  “лекарственной мудростью”. Надо сказать, что наблюдать ему было за чем. В те времена уже существовало  разделение медицинских профессий и в соответствии с ним докторами назывались лица, получившие образование в заграничных университетах и лечившие всякие внутренние болезни. От докторов существенно отличались лекари, которые занимались исключительно хирургическими операциями и лечением наружных болезней. Аптекари готовили лекарственные средства и участвовали в консилиумах, давая советы о том, какое лучше применить. К тому же, как говорили в старину, все познания в области “лекарственной мудрости” делились на ²три стати дохтуром, и обтекарем, и лекарем, потому что дохтур совет свой дает и приказывает, а сам тому неискусен; а лекарь прикладывает и лекарством лечит, а сам не научен; а обтекарь у них обеих повар², поэтому ближний боярин обязан был строго следить, чтобы каждый занимался своим делом и, видимо, никогда не оставался без работы.
Несмотря на главную роль, которую играли при царском дворе иноземные медики, долгое время сохранялся обычай обращаться за врачебной помощью к своим русским знахарям, костоправам и рудометам (кровопускателям), а это требовало определенных душевных усилий, смелости и осторожности, так как страх перед могуществом знахаря и его ²лихим зельем² никогда не покидал царя и его приближенных. Дабы уберечься от возможных бед, было решено, что все, привлекаемые к лечению высоких особ знахари, лекари, аптекари и врачи, российские и иноземные, давали клятву никакого вреда не причинять в особой крестоцеловальной грамоте. Традиция включения в крестоцеловальные записи обязательств ²лиха государю своему не мыслити², заложенная в начале XVI века при Василии III, достигла к первой трети XVII столетия огромного значения, когда торжественную клятву стали давать и чины Аптекарского приказа, и дворовые люди царского чина, и вообще все, кто имел хоть минимальное отношение к царскому двору. Для примера приведем фрагмент подлинной подкрестной записи от 15 сентября 1598 г, которую подписывали, присягая на верность новому царю Борису Годунову, его поданные, в том числе все, имеющие отношение к медицине: ²Такоже мне над государем своим, царем и великим князем Борисом Федоровичем всея Руси, и над царицею и великой княгиней Марьею, и над их детьми, над царевичем Федором и над царевной Оксиньею, в естве, и в питье, ни в платье, ни в ином ни в чем лиха никакого не учинити и не испортити, и зелья лихого и коренья давати…, ведунов и ведуньей не добывати на государское на всякое лихо…, по ветру никакого лиха не насылати и следу не вынимати…, и всяким злым умышлением и волшебством не умышляти². Такая клятва была весьма небесполезна, если судить о нравах при царском дворе по тому факту, что даже в конце XVII века ученый человек, первый в России библиограф, монах Сильвестр Медведев держал у себя в доме некоего волхва Дмитрия Силина, который говорил о себе, что он ²узнаёт в животе болезнь и на солнце смотрит и узнаёт в солнце: кому что будет…². Тот же Медведев, как явствует из розыскного дела по обвинению его в государственной измене, имел сношения с другим волхвом Василием Иконниковым, похвалявшимся напустить порчу на государей Федора и Петра, если только царевна Софья даст ему 5000 рублей. Знакомство с такими людьми, равно как и участие в заговоре на стороне правительницы Софьи, в конце концов привело Сильвестра Медведева к трагической гибели, а оставшееся после него розыскное дело позволило глубже узнать характер взаимоотношений при царском дворе.
При Иване Грозном появляется новое приказное управление делами медицины, во главе которого становится надежный боярин Афанасий Вяземский. Насколько серьезно относились к управлению медициной в конце XVI столетия видно из свидетельства Жака Маржерета, в воспоминаниях которого о его пребывании в России того времени, находится следующее известие: ²Важнейшее в России достоинство есть сан конюшенного боярина, за ним следует аптекарский боярин, главный начальник медиков и аптекарей². Поэтому вполне понятно, почему при Федоре Ивановиче эту должность исполнял Борис Годунов, а когда сам стал царем, то назначил на нее своего родственника Семена Никитича Годунова. Любопытно, что иноземные врачи в это время жалование и награды получали из Приказа Большого Дворца, а определялись на царскую службу и увольнялись с нее в Посольском приказе и формально Аптекарскому приказу не подчинялись.
Когда именно появилась канцелярия Аптекарского приказа, сказать трудно, но с достаточной долей уверенности следует предположить зачатки ее возникновения в конце XV столетия, когда появились на Москве иноземные медики, которые не могли не привлечь к себе пристального внимания правительства. Дошедшие до нас из глубины времен и тем не менее достаточно точные известия, безусловно свидетельствуют о том, что по крайней мере при царе Федоре Ивановиче Аптекарский приказ уже существовал, о чем и говорит запись в Писцовых книгах Вяземского уезда от 1594 по 1595 г: ²…а преж того было за Дмитрием за Михайловым сыном Быкова, а осталось за мерою Обтекарского Приказу у Никифора Гаврилова². Документы, обнаруженные в Англии, в свою очередь утверждают, что уже при первом русском царе Иване Васильевиче Грозном, не позднее 1560 года была основана явная предшественница Аптекарского приказа  - Аптекарская изба. Документальные свидетельства, подтверждающие существование полноправного Аптекарского приказа относятся к 1620 году, который и принято считать годом основания этого достойного учреждения в новом здании близь Воскресенских ворот.
Одна из главных проблем, которую был призван решить Аптекарский приказ, состояла в снабжении царской аптеки лекарскими припасами. Для эти целей часто использовались торговые склады в Полоцке, Могилеве и Архангельске, в которых концентрировались, привезенные торговыми людьми из-за рубежа ²аптекарские лекарства со всяким аптекарским заводом и лекарские снасти². По мере истощения вывезенных с собой из-за границы лекарских запасов, придворные врачи охотно обращались за их пополнением именно на эти склады, ибо едучи на царскую службу в Россию, вопреки царскому указу, обязывающему их везти с собой как можно больше медикаментов, они были больше озабочены перевозом через границу ²запасенок про обиход², чем лекарств и медицинских книг. Наибольшей популярностью пользовался Архангельский склад, получавший лекарские припасы в основном из Англии. У архангельских дрогистов (торговцев лекарствами и лекарственными травами) покупались ²финокопное семя сладкое, гвоздика да деревянное масло, камень безуй да шефран, ремонея да мушкатея, померанцина корка² и прочие, необходимые аптеке средства. Чтобы не переплачивать деньги купцам, расчетливое московское правительство и Аптекарский приказ приняли меры к тому, чтобы снабжать аптеку посредством прямых закупок аптечных товаров непосредственно за границей, в связи с чем, например, в 1632 г англичанин, с забавно переиначенным на русский лад именем, Ульян Иванов Смит, ²по Государеву указу послан был в аглинскую землю для обтекарских лекарств². В 1645 г немецкий торговец, именуемый москвичами Петр Матвеев, согласно росписи, составленной придворным доктором царя Алексея Михайловича англичанином Венелиусом Сибилистом, поставил Аптекарскому приказу крупную партию² из Гастиннские земли про государев обиход, обтекарские всякие запасы, маслы и водки, и сахары, и спирты, и цветы, и травы, и семена, и коренья, и пластыри, и мази, и скляницы².
Аптекарским приказом была организована и заготовка отечественных лекарственных растений помясами, состоявшими на жаловании приказа. Этим помясам также вменялось в обязанность обучать сбору лекарственных трав лекарских и аптекарских учеников. Кроме всего прочего,  Аптекарский приказ располагал довольно значительной библиотекой иностранных медицинских книг и содержал штат переводчиков и переписчиков этих книг.
Достигнув постепенно успеха в централизованном снабжении аптек к концу VXII века, Аптекарский приказ обязал пользоваться их услугами всех иноземных докторов, которым надлежало ²лечить…всяких чинов людей, а лекарства имать из Аптекарского приказу, а не своими лекарствы².
Аптекарский приказ просуществовал в России до 1714 года и по смыслу своей деятельности, скорее всего, был похож на придворную канцелярию, выполнявшую указы царя, чем на учреждение, самостоятельно управлявшее царской и гражданскими аптеками. Ни одно, сколь ни будь заметных распоряжений никогда не принадлежало приказу, а те, что делались, касались хозяйственных мелочей, да перестановке с места на место не особо важных чинов. Приказ никогда не выходил за рамки мелкой администрации и ничего не предпринимал, пока ему не указывали свыше.Тем не менее, учитывая всю важность Аптекарского приказа как организации, так или иначе влияющей на здоровье государя и его окружения, во главе его всегда, за одним исключением, речь о котором пойдет ниже, стояли именитые, знатные и лично преданные царю бояре. Имена их часто упоминаются в отечественной истории, но мало кому известно, что среди прочих своих, более или менее славных деяний, они еще возглавляли в то или иное время Аптекарский приказ,  а по сему будет уместно перечислить их в хронологическом порядке: князь Иван Борисович Черкасский (1629 – ?), боярин Федор  Иванович Шереметев (1643 – 1645), боярин Борис Иванович Морозов (1645 – 1654), боярин Илья Данилович Милославский (1654 – 1669), боярин Иван Андреевич Милославский (1669 – 1670), думный дьяк Лука Голосов с дьяком Петром Зыковым (1670 –1672), боярин Артамон Сергеевич Матвеев (1672 –1676), князья Никита Иванович и  Василий Васильевич Одоевские (1678 - ?) и последний ²аптекарский боярин² – князь Яков Никитич Одоевский (1697 – 1714).
Нужды и заботы Аптекарского приказа уважали при дворе только тогда, пока во главе его стоял лично близкий к царю человек. В тот век личной службы и преданности не место красило человека, а человек место, что и доказывает самым убедительным образом одно событие, произошедшее в царской семье, оказавшее влияние на судьбу талантливого человека и на деятельность Аптекарского приказа. В 1670 г царь Алексей Михайлович женился во второй раз на воспитаннице Артамона Матвеева, сына простого дьяка, тем не менее, ставшего близким другом государя. Влияние родственников первой жены царя Милославских падает и боярина Ивана Андреевича Милославского на посту главы Аптекарского приказа сменяет выдвиженец Матвеева, опытный дьяк Посольского приказа, ставший по делам своим думным дьяком, Лука Голосов. И вот, не смотря на его энергию, знания и большой опыт в ведении государственных дел, за два года  Аптекарский приказ приходит в упадок, ибо, не имея возможности, в силу своего происхождения, обратиться лично к царю, Голосов буквально утонул в государственном бюрократическом аппарате, который во все времена был славен на Руси тем, что в нем гибли все хорошие дела и намерения. А далее Артамон Матвеев женился на сестре царицы и тут же получил в управление Аптекарский приказ, дела которого после этого быстро наладились, а Лука Голосов отправился опять служить в Посольский приказ.
Справедливости ради надо заметить, что была одна, не имеющая отношения к медицине, но довольно важная сторона деятельности Аптекарского приказа, оставившая по себе добрую память. Это была данная ему привилегия чинить суд, расправу и защиту своих подчиненных. Всех лиц, относящихся к ведомству Аптекарского приказа, судили по делам гражданским и уголовным только чиновники самого приказа, естественно с учетом корпоративных интересов. Во времена полного самоуправства власть предержащих, когда любого и каждого по малейшему подозрению тащили на съезжую, где можно было умереть, так и не дождавшись суда, Аптекарский приказ избавлял своих подчиненных от этого произвола царской судебной системы.
Иногда Аптекарский приказ называли Аптекарской палатой, что дало повод некоторым историкам, не особо утруждающих себя исследованием документов, утверждать, что была проведена некая благодетельная реорганизация этого, на редкость консервативного учреждения. На самом деле приказ и палата были в те времена выражениями синонимическими и в документах употреблялись произвольно, одно в замену другому. Подтверждением этому служит упоминание Аптекарской палаты в документах 1666 – 1700 гг, в то время как Аптекарский приказ упоминается в них же от начала своей деятельности в XV веке,  до ее конца в 1714 г, когда вследствие реформ Петра I, он был преобразован и получил название Канцелярии Главной Аптеки. Сама эта канцелярия просуществовав до 1721 года, была благополучно упразднена и на смену ей  для управления всей медициной, в том числе и аптеками, была учреждена Медицинская Коллегия во главе с архиатером. Первым архиатером  был доктор Иван Лаврентьевич Блюментрост, который и был в 1730 г уволен именно за беспорядки в аптечном деле, а сама Медицинская Коллегия была упразднена. Пришедшее ей на смену Докторское собрание тоже долго не просуществовало и было вновь заменено на Медицинскую Коллегию. Деятельность глав медицинских ведомств, сменявших друг друга в те неспокойные для России времена, ничем выдающимся отмечена не была, разве что указом архиатера Германа Лестока от 1742 года, запрещающим лекарским и аптекарским ученикам жениться до получения звания и производства в чин. Получившие  чин фармацевты  обязаны были испрашивать у своего начальства разрешения на женитьбу. Начальству же вменялось в обязанность строго следить за тем, чтобы аптекари женились на особах благонравного, честного и беспорочного жития.