У многих в рунете сейчас большие проблемы с последним обновлением Яндекса и заменой ТИЦа на ИКС, в частности одна из самых больших проблем это то что по умолчанию всем поддоменам присваивается ИКС основного домена, вне зависимости от реальных показателей, то есть тут "Индекс качества сайта" становится абсолютно бесполезным и не отражает истинного индекса качества сайта.

Ну о каком индексе может идти речь, когда ваш тестовый доддомен с одной страничкой на которой написано "привет мир!" с точки зрения яндекса имеет такое же качество как и главный домен с отличной посещаемостью и поведенческим фактором.
 
Вообще, по сути, основная часть этого индекса это показатель того сколько, этот же самый яндекс вам дает трафика...
 
Рассмотрим ситуацию: основной домен - это просто визитка или посадочная страница, а на поддоменах у вас основной контент, магазины, сервисы,  мобильные версии или региональные, территориальные или языковые зеркала или же абсолютно другие проекты, при чем на последних у вас отличные показатели, трафик и профит.

Для тех кто столкнулся с этой проблемой в панели яндекс вебмастера на странице поддомена в разделе икс будет написано с какого домена берется показатель  с пометкой "представлен ИКС основного домена".

Если кстати в общем списке сайтов на главной странице вебмастера это значение окрашено не черным а серым цветом, то скорее всего для этого домена третьего уровня показатель еще вовсе не рассичан, тут придется подождать, но все равно желательно что-бы следающие условия соблюдались.
 
Конечно необходимо бороться с некорректным результатом и на данный момент уже есть несколько решений:
 
Первое и самое основное: пишем в поддержку яндекса и уговариваем, пересмотреть показатели для поддомена, основания для этого перечислены ниже.
А теперь самое важное условие для успешного перерасчета ИКС для поддоменов:
При этом в действительности ваш основной домен и поддомен должны отличаться, не быть зеркалами или склеенными, иметь собственные robots.txt с правильно указанным параметром HOST, иметь собственные карты сайта, отличный дизайн и CMS и желательно находиться на разных IP адресах.

Так же есть вероятность что для ваших поддоменов еще не выссичан индекс и не стоит забывать про то что пока вся система на стадии тестирования.
 
Второе, совершенно бесбашенный способ, но если терять нечего делаем так:
Основные условия из первого способа желательно должны быть осуществлены.
Необходимо сделать так что бы основной домен (главное зеркало), тот с которого берется показатель перестал быть главным и для этого его нужно склеить с другим доменом или поддоменом:
например если основной домен без WWW, то клеем его на WWW.ДОМЕН.ХРЮ
Для механизма расчета показателей важно чтобы главное зеркало совпадало с доменом.
К сожалению данный метод плохо опробован, по этому предупреждаем: НА СВОЙ СТРАХ И РИСК.

p.s.

Если на странице проверки https://webmaster.yandex.ru/sqi/ вместо поддомена написать любую ерунду, даже несуществующий поддомен, индекс все равно покажется от главного )